Conforme o Estatuto, existem dois órgãos colegiados:

a)    o Conselho Superior

É o órgão máximo do Instituto e possui o caráter deliberativo e consultivo. Reúne-se a cada dois meses e é presidido pelo reitor. O Conselho segue o princípio da gestão democrática, sendo composto por representantes dos docentes, dos discentes, dos servidores técnico-administrativos, dos egressos da instituição, da sociedade civil, do Ministério da Educação e do Colégio de Dirigentes do Instituto Federal.

Confira o Regimento Interno do Conselho Superior

b)    o Colégio de Dirigentes

Órgão de apoio ao processo decisório da Reitoria, o Colegiado possui o caráter consultivo. Suas reuniões ocorrem uma vez por mês. É presidido pelo reitor e composto pelos pró-reitores e diretores gerais dos campi.