O Instituto Federal Baiano está vinculado ao Ministério da Educação por meio da Secretaria de Educação Profissional e Tecnológica – SETEC e fora instituído pela Lei 11.892/2008 com sede/Reitoria em Salvador. Esse Instituto engloba as quatro antigas Escolas Agrotécnicas Federais da Bahia, hoje denominadas: campus de Catu, de Guanambi, de Santa Inês e de Senhor do Bonfim; o campus Bom Jesus da Lapa que está em fase de implantação; e as Escolas das EMARCs que se localizam em Uruçuca, Itapetinga, Teixeira de Freitas e Valença, todas em tramitação do Ministério da Agricultura para o Ministério da Educação.
A estrutura organizacional do Instituto Federal Baiano está sendo constituída através de uma comissão designada pela Reitoria, obedecendo ao Plano de Desenvolvimento Institucional.

Sebastião Edson Moura
Reitor Pro Tempore