É órgão de controle interno, vinculado ao Conselho Superior. Submete-se à orientação normativa e supervisão técnica do Sistema de Controle Interno do poder Executivo Federal. Sua atuação estende-se por todos os serviços, programas, operações e controles existentes no IF Baiano.
Resolução Nº 23/2010 (Atualizada) – Regulamenta a Auditoria Interna no IF Baiano
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